причём выбрать другие устройства кроме PulseAudio server (local) невозможно (ну покрайней мере у меня)
После Гугления чтения форумов и шаманство с Kmix и AlsaMixer смог запустить только микрофон с гарнитуры. Как оказалось решение лежало на поверхности доустанавливаем pavucontrol

sudo apt-get install pavucontrol

Запускаем и на вкладке \»Устройства ввода\» смотрим что выбрано в качестве микрофона у меня было
\»Встроенное аудиоустройство Analog Stereo\» теперь понятно почему работал микрофон с гарнитуры
Идём на вкладку \»Запись\» запускаем Skype делаем контрольный звонок и в появившихся для приложения настройках ввода выбираем требуемое устройство

проверяем на вкладке \»Устройства ввода\» наличие выбранного устройства

всё пользуемся.

Источник